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cover: images/screenshot.png
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date: 2024-11-14
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summary: Découverte du logiciel fourni avec mon microscope Swift SW350T.
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title: Swift Imaging v3.0
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La clé USB fournie avec mon premier microscope (dont le contenu est détaillé dans [mon article précédent](/interets/microscopie/2024/11/08/decouverte-de-mon-premier-microscope/)) propose l'installation du logiciel propriétaire Swift Imaging dans sa version 3.0 (en français), ainsi que son manuel d'environ 180 pages (en anglais et en chinois).
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Mes 35 ans d'[expérience en informatique](https://richard.dern.ovh/) m'ont fait présumer d'un logiciel mal conçu, peu intuitif et déraisonnablement compliqué.
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Le mode de distribution par clé USB, à l'heure d'Internet, m'évoque un autre temps de l'informatique, révolu.
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Mais une fois le logiciel installé sur mon Mac en quelques clics, mes préjugés s'évaporent, après un léger bémol toutefois.
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## Fenêtre principale
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Le bémol en question concerne l'apparence du logiciel : il ne supporte pas le mode sombre.
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En cause : des icônes monochromes dont la couleur ne s'adapte pas au reste de l'interface.
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La même remarque est à formuler concernant d'autres éléments de l'interface, notamment certains textes.
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En tant que développeur, j'ai tendance à dire que ce serait facile à corriger, quoique fastidieux, en utilisant des couleurs abstraites fournies par le système d'exploitation.
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Il suffit de passer sur un thème système clair pour que l'application soit parfaitement utilisable.
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C'est un peu contraignant mais pas rédhibitoire.
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### Sélection de la caméra
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Branchée en USB, la caméra devrait être immédiatement reconnue et listée dans le panneau de gauche.
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Après l'avoir sélectionnée, les contrôles de paramétrage de la caméra (dans les panneaux inférieurs, toujours à gauche) s'adaptent en fonction des possibilités de la caméra sélectionnée.
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Mon modèle étant assez basique (comparativement aux autres modèles vendus par Swift), un certain nombre de contrôles disparaissent, épurant ainsi l'interface, ne laissant que le nécessaire.
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Évidemment, le flux de la caméra apparait alors dans le panneau principal.
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## Premiers essais
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Là encore, comme indiqué dans un article précédent, Swift fourni une boîte de dix lames dont cinq préparées.
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Je mentionnais que c'était peu, tout en rappelant qu'un microscope à près de 450 euros n'est plus vraiment dédié à la découverte mais à un usage un peu plus avancé.
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Quoi qu'il en soit, ces lames ont le mérite d'exister : autant les inspecter sans plus tarder !
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> Les grossissements indiqués ci-après sont ceux des objectifs employés.
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> On ne tient pas compte des grossissement des oculaires qui n'interviennent pas dans l'utilisation de la caméra.
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> Comme je l'ai indiqué en ouverture de ce site, je ne sais rien d'autre en matière de microbiologie que ce que j'ai appris à l'école il y a plus de vingt ans.
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> En conséquence, j'ai demandé de l'aide à ChatGPT 4 pour nommer ce que j'ai observé, puis j'ai essayé de confirmer grâce, notamment, à la Wikipédia.
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### Épithelium d'oignon
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/epithelium-d-oignon/raw/branch/main/2024/11/13/4x-full.jpg?raw=true" "center" "Cartographie de la lame" "Swift Imaging offre une fonctionnalité intéressante appelée *stitching*, ou *mosaïque*, permettant de produire une image unique composée de toute la surface de l'échantillon." "Richard Dern" >}}
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L'une des fonctionnalités les plus intéressantes de l'application est la possibilité de produire des mosaïques avec la technique du _stitching_ (_couture_) : cela permet de cartographier la surface de l'échantillon en déplaçant le plateau sur l'axe X/Y.
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Étant donné que sans plateau motorisé, la procédure est un peu fastidieuse, je me suis contenté de le faire à l'objectif 4x.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/epithelium-d-oignon/raw/branch/main/2024/11/13/10x.jpg?raw=true" "center" "Épithélium d'oignon, objectif 10x" "La même lame, observée à l'objectif 10x" "Richard Dern" >}}
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On commence à voir que la maîtrise de la lumière est essentielle.
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Plus on observe le sujet de près, plus il faut l'éclairer.
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Ici, bien que l'on puisse assez bien observer les membranes et les noyaux des cellules, j'aurais pu augmenter un peu l'apport de lumière.
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J'aurais pu aussi corriger l'exposition en _post-production_ avec un logiciel de retouche, voire directement dans Swift Imaging.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/epithelium-d-oignon/raw/branch/main/2024/11/13/40x.jpg?raw=true" "center" "Épithélium d'oignon, objectif 40x" "La même lame, observée à l'objectif 40x" "Richard Dern" >}}
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Quand on commence à explorer les grossissements supérieurs au 10x, il devient intéressant de jouer avec le condenseur et son diaphragme : cela permet notamment d'intervenir sur le contraste de l'image.
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Ici, cela m'a permis de mettre en évidence ce qui semble être le [nucléole](https://fr.wikipedia.org/wiki/Nucléole) de la cellule.
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Swift Imaging offre une autre fonctionnalité intéressante : _Enhanced Depth of Field_ (_EDF_).
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Dans ce mode d'observation, on peut améliorer les niveaux de détails d'une image à partir de plusieurs autres images prises à des niveaux différents.
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Lors de l'usage de ce mode, la précision de l'image est améliorée en jouant sur la molette de réglage fin du microscope.
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Bien que, comme pour la mosaïque, un peu de pratique sera nécessaire pour en tirer pleinement profit, le logiciel nous simplifie considérablement la tâche.
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En outre, à partir d'un objectif de 40x, on se rend compte que les mouvements opérés sur et autour du microscope font bouger l'échantillon : il faut apprendre à être délicat !
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On peut voir sur la photo suivante que ces mouvements ont provoqué un déclage visible à droite et en bas, et il en résulte une image moins précise que ce que j'aurais pu obtenir.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/epithelium-d-oignon/raw/branch/main/2024/11/13/40x-EDF.jpg?raw=true" "center" "Épithélium d'oignon, objectif 40x, *Enhanced Depth of Field* (*EDF*)" "La même lame, observée à l'objectif 40x avec *Enhanced Depth of Field* (*EDF*)" "Richard Dern" >}}
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Malgré ces imperfections, la technique de l'_EDF_ met en évidence ici un [cytoplasme](https://fr.wikipedia.org/wiki/Cytoplasme) moins uniforme qu'il ne paraissait auparavant.
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En vérité, l'_EDF_ sera intéressant dès lors que l'échantillon aura une certaine épaisseur, et à tous les grossissements.
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### Graine de tournesol
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/graine-de-tournesol/raw/branch/main/2024/11/13/4x.jpg?raw=true" "center" "Graine de tournesol, objectif 4x" "" "Richard Dern" >}}
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L'observation de la graine de tournesol s'avère assez frustrante : peu importe le grossissement employé et les réglages fins utilisés, l'image semble floue.
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En réalité, on peut voir que les cellules du bord de la graine sont nettes, mais l'épaisseur de l'échantillon et les caractéristiques des éléments constituant la graine font que leurs parois apparaissent floues.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/graine-de-tournesol/raw/branch/main/2024/11/13/10x-EDF.jpg?raw=true" "center" "Graine de tournesol, objectif 10x, *EDF*" "La même lame à l'objectif 10x avec *EDF*" "Richard Dern" >}}
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Comme dit précédemment, l'_EDF_ améliore quelque peu la netteté, tout en montrant des détails intéressants.
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Ici, on peut observer les tissus vasculaires formant des faisceaux (à droite) orientés vers les cellules du [parenchyme](https://fr.wikipedia.org/wiki/Parenchyme).
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/graine-de-tournesol/raw/branch/main/2024/11/13/40x.jpg?raw=true" "center" "Graine de tournesol, objectif 40x" "La même lame à l'objectif 40x" "Richard Dern" >}}
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En 40x, on peut clairement voir l'aspect "moelleux" des cellules du parenchyme, même sans faire appel à _EDF_.
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### Patte d'abeille ouvrière
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/abeille-ouvriere/raw/branch/main/2024/11/13/4X.jpg?raw=true" "center" "Patte d'abeille ouvrière, objectif 4x" "" "Richard Dern" >}}
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La lame contenant la patte d'une abeille ouvrière offre un challenge et un résultat intéressant, tous deux dus à l'épaisseur de l'échantillon.
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Ici, il n'est pas question d'une coupe micrométrique : c'est l'ensemble de la patte qui est proposé.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/abeille-ouvriere/raw/branch/main/2024/11/13/4x-EDF.jpg?raw=true" "center" "Patte d'abeille ouvrière, objectif 4x, *EDF*" "" "Richard Dern" >}}
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Pour cette prise de vue, je me suis intéressé au tarse et sa partie intermédiaire, la brosse à pollen.
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Avec l'_EDF_, on voit très clairement l'implantation des poils utilisés par l'abeille pour se nettoyer ou collecter le pollen.
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Les taches noires sur le fond blanc extérieur sont des imperfections du verre de la lame.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/abeille-ouvriere/raw/branch/main/2024/11/13/4x-EDF-psy.jpg?raw=true" "center" "Patte d'abeille ouvrière, objectif 4x, *EDF*" "Psychédélique !" "Richard Dern" >}}
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L'_EDF_ et le condenseur permettent toutes sortes d'excentricités optiques : fermer (ou ouvrir, comme ici) excessivement le diaphragme peut provoquer des aberrations chromatiques (volontaires ou non) qui, combinées à la composition d'images via l'_EDF_, peut offrir des effets pour le moins... intéressants !
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/abeille-ouvriere/raw/branch/main/2024/11/13/10x.jpg?raw=true" "center" "Patte d'abeille ouvrière, objectif 10x" "" "Richard Dern" >}}
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En 10x, on peut voir des détails de l'articulation des griffes...
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/abeille-ouvriere/raw/branch/main/2024/11/13/40x-EDF.jpg?raw=true" "center" "Patte d'abeille ouvrière, objectif 40x, *EDF*" "" "Richard Dern" >}}
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...encore plus évidents en 40x avec _EDF_.
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Cela reste un peu flou à cause de mon manque de maîtrise.
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Il faut vraiment que j'arrive à nettoyer ces poussières... (les trois taches noires au centre et à gauche).
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### Muscle squelettique de chien
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La préparation offerte par Swift manque un peu de colorant : l'échantillon est très pâle et cela se ressent sur les prises de vue, en particulier aux faibles grossissements
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Peut-être que j'aurais pu, au moins partiellement, corriger cela en post-traitement.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/muscle-squelettique-de-chien/raw/branch/main/2024/11/13/4x.jpg?raw=true" "center" "Muscle squelettique de chien, objectif 4x" "" "Richard Dern" >}}
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La morphologie classique des tissus musculaires se retrouve sans le moindre doute, y compris au plus faible grossissement.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/muscle-squelettique-de-chien/raw/branch/main/2024/11/13/10x.jpg?raw=true" "center" "Muscle squelettique de chien, objectif 10x" "" "Richard Dern" >}}
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Je me suis focalisé sur cette structure particulière (ici observée au 10x), qui se révèle être une petite veine ou une artère.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/muscle-squelettique-de-chien/raw/branch/main/2024/11/13/40x-EDF.jpg?raw=true" "center" "Muscle squelettique de chien, objectif 40x, *EDF*" "" "Richard Dern" >}}
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Sur cette photo, bien qu'encore floue malgré l'usage de l'_EDF_, on peut voir les cellules qui constituent la paroi du vaisseau sanguin.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/muscle-squelettique-de-chien/raw/branch/main/2024/11/13/40x-EDF-2.jpg?raw=true" "center" "Muscle squelettique de chien, objectif 40x, *EDF*" "" "Richard Dern" >}}
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En me promenant sur la lame, j'ai pu voir une structure plus sombre que les autres.
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Au 40x et avec l'_EDF_, on s'aperçoit qu'il s'agit d'un amas "inattendu" de cellules, probablement du à une petite inflammation ou un léger traumatisme du muscle.
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### Testicule de lapin
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La lame permettant d'observer une coupe de testicule de lapin est bien colorée, ce qui va nous permettre d'observer des détails intéressants grâce au contraste proposé.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/testicule-de-lapin/raw/branch/main/2024/11/13/4x.jpg?raw=true" "center" "Testicule de lapin, objectif 4x" "" "Richard Dern" >}}
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Ainsi, les tubules séminifères sont parfaitement reconnaissables, avec un bon niveau de détail et de contraste dès le plus faible grossissement.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/testicule-de-lapin/raw/branch/main/2024/11/13/10x.jpg?raw=true" "center" "Testicule de lapin, objectif 10x" "" "Richard Dern" >}}
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En passant à l'objectif 10x, on commence à voir les [cellules de Leydig](https://fr.wikipedia.org/wiki/Cellule_de_Leydig) dans le tissus intersticiel, et la structure en faisceaux spiralés au centre des tubules.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/testicule-de-lapin/raw/branch/main/2024/11/13/40x.jpg?raw=true" "center" "Testicule de lapin, objectif 40x" "" "Richard Dern" >}}
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C'est au centre de ce "vortex" (ici vu au 40x) que sont libérés les spermatozoïdes à l'issue de la spermatogenèse.
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{{< extimage "https://git.dern.ovh/photomicrographie/testicule-de-lapin/raw/branch/main/2024/11/13/100x.jpg?raw=true" "center" "Testicule de lapin, objectif 100x" "" "Richard Dern" >}}
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Pour ma première observation à l'objectif 100x, je ne me suis pas risqué à employer l'huile à immersion.
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Néanmoins, cela permet d'avoir un aperçu un peu plus précis, quoique flou, des cellules de Leydig.
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## Conclusion
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### Swift Imaging v3.0
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Le logiciel est une bonne surprise pour moi.
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La facilité avec laquelle j'ai pu faire une mosaïque et jouer avec la profondeur de champ me laisse penser qu'il ne constituera pas un maillon faible dans mes observations.
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Je craignais qu'en plus de devoir apprendre à maitriser mon matériel, je doive également subir une courbe d'apprentissage importante de la partie logicielle.
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J'apprécie la gratuité de l'application, évidemment, et sa relative ouverture (dans la mesure où un SDK est fourni).
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Évidemment, il eût été encore plus appréciable, surtout dans une optique de science ouverte et/ou participative, de disposer des sources du logiciel.
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Les non-anglophones seront ravis de voir que l'interface est entièrement traduite, au contraire du manuel.
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En ce qui me concerne, du moment que l'anglais est proposé, cela me convient.
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### Premières observations
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J'ai eu une brève période pendant laquelle je me suis pris d'intérêt pour la photographie "classique", et je réalise que la même règle d'or s'applique pour la photomicrographie.
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Elle est même encore plus importante, parce que nous flirtons avec les limites physiques.
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**Il est capital de maîtriser la lumière**.
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Et force est de constater qu'au cours de mes premières observations, je ne la maîtrise pas !
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Pourtant, curieusement, cela m'intimide moins que lors de sessions de photographie "traditionnelle".
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Bien au contraire !
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Il me reste alors une barrière psychologique à surmonter : l'huile à immersion.
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Je suis terrifié à l'idée de l'utiliser : j'ai peur d'oublier d'en avoir utilisé et donc d'oublier de nettoyer l'objectif après usage.
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Mais sans cela, je ne pourrais pas profiter pleinement de l'objectif 100x...
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