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## Dans l'Arbre du Vivant
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Si Aristote, au IV^ème^ siècle avant notre ère, a été parmi les premiers à
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proposer une classification des espèces[@aristote_histoire_1883] contenant cinq
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cent huit noms d'animaux, distinguant déjà un genre et une espèce, et supposant
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déjà une certaine forme de hiérarchie, il faudra attendre 1735 pour que Carl von
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Linné publie _Systema Naturae_[@von_linne_systema_1768], où il
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formalise une classification du vivant, et finira par introduire la nomenclature
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binomiale dans sa dixième édition. C'est à lui que l'on doit notre nom, _Homo
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sapiens_.
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Cette nomenclature sera encore améliorée au fil des siècles, et elle est
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toujours utilisée aujourd'hui. Elle permet désormais davantage d'intermédiaires
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dans la classification, et certaines espèces peuvent utiliser une notation
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trinomiale. Par exemple, _Canis lupus domesticus_, le chien domestique.
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La place de l'Homme dans cette nomenclature a nécessité un certain temps avant de
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faire consensus. À la fin du XVIII^ème^ siècle, les scientifiques n'ont pas
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encore abandonné les doctrines chrétiennes : dans _Systema Naturae_, Linné ne
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fait que "décrire et classer les créations divines"
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[@contributeurs_wikipedia_systema_2020]. Même Buffon, dans son _Histoire
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Naturelle_[@buffon_histoire_1804] datant de 1804 (pour le dernier volume) place
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l'Humain à part, au sommet de la Création, "au-dessus" de toutes les autres
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espèces, et il ne faudra rien de moins que la "révolution darwinienne" en 1859 -
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la publication de _L'Origine des Espèces_[@darwin_origine_1870] par Charles
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Darwin - pour oublier la _Scala Naturae_ linéaire utilisée jusqu'alors. On
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passera d'une classification en échelle à une classification arborescente :
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l'arbre phylogénétique.
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Pièce majeure de la littérature scientifique tout en étant accessible à tous,
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_L'Origine des Espèces_ a provoqué un bouleversement de la conception de la Vie,
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ses origines, et sa diversification. Darwin théorise la sélection naturelle et
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l'évolution des espèces, bousculant le dogme de la théologie naturelle alors en
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vigueur, selon lequel toutes les espèces avaient été créées par Dieu, et
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qu'elles ne pouvaient donc ni s'éteindre ni apparaître spontanément. Darwin
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attendra 1871 pour "_élargir explicitement sa théorie à l'homme_"
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[@delyfer_filiation_1999] dans _La Filiation de l'homme et la sélection liée au
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sexe_. Sa théorie était si avancée et si éloignée des dogmes religieux d'alors qu'elle
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ne fut finalement largement admise que dans les années 1930.
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Avant cela, et puisqu'ancrés dans la chrétienté, les scientifiques admettaient
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encore que l'Homme ne pouvait avoir précédé les évènements bibliques. Même l'âge
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de notre Terre faisait débat. Avant que l'on puisse comprendre et utiliser la
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radioactivité (découverte par Henri Becquerel en 1896) à des fins de datation,
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on pensait que la Terre avait entre trois mille et soixante quinze mille ans,
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même si certains auteurs se sont risqués à proposer un âge de plusieurs dizaines
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de millions d'années. On doit alors comprendre la confusion des scientifiques
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qui découvrirent les premiers fossiles de _Homo sapiens_ en 1823
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[@museum_of_natural_history_oxford_red_nodate] et les difficultés, techniques
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mais surtout sociales, pour les dater correctement.
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Mais _L'Origine des Espèces_ avait initié un profond changement qui devait mener
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à l'abandon définitif des dogmes religieux dans les sciences. Quand finalement,
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en 1931, on a reconnu la supériorité de la datation radiométrique[^carbone14],
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il n'était plus envisageable de considérer l'Humain comme une espèce à part. On
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avait désormais tous les éléments en main pour le placer convenablement dans
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l'arbre du Vivant:
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* L'âge de la Terre se chiffrait en milliards d'années
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* Les fossiles humains (et d'autres espèces) purent être datés avec précision,
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et certains étaient antérieurs aux temps bibliques
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* Établissant la parenté avec les primates, on admit l'existence d'autres
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espèces d'Humains, notamment _Homo neanderthalensis_, l'Homme de Néandertal,
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déjà découvert en 1829, mais qu'on refusait alors de considérer comme une
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espèce distincte de la notre[@contributeurs_wikipedia_homme_2021]
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[^carbone14]: Ce n'est qu'en 1950 qu'on a commencé à utiliser la datation au
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carbone 14, mais les modèles mathématiques reposant sur la désintégration
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isotopique étaient déjà reconnus plus fiables que n'importe quelle autre
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méthode disponible alors.
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Si nous disons encore, vulgairement et avec dédain, que l'Homme descend du
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Singe, c'est en réalité un peu plus compliqué. Aristote proposait la théorie de
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la génération spontanée dans son _Organon_[@aristote_organon_nodate], selon
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laquelle les larves de mouche apparaîtraient spontanément sur la viande en
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décomposition, les souris naîtraient dans les tas de linges sales, et les mites
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sur la laine. Une théorie encore soutenue par Isidore Geoffroy Saint-Hilaire
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(1805 - 1861) (à l'origine de l'éthologie, dont on reparlera plus tard) et
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Jean-Baptiste de Lamarck (1744 - 1829) (qui théorisa l'évolution des espèces
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juste avant Darwin). Mais elle fut finalement prouvée fausse par Louis Pasteur
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au XIX^ème^ siècle: il montra, grâce au procédé de la pasteurisation, que ce
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qu'on pensait alors apparaître spontanément était en fait déjà là, sous la forme
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d’œufs ou de germes.
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> Aujourd'hui, les scientifiques s'accordent à dire que toute la vie actuelle
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> découle d'une vie antérieure, qui est devenue progressivement plus complexe et
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> s'est diversifiée grâce au mécanisme d'évolution par sélection naturelle
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> décrit par Charles Darwin.[@contributeurs_wikipedia_origine_2021]
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Techniquement, l'Histoire de l'Homme est celle de toute créature vivante sur
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Terre, dont le _DACU_, le _Dernier Ancêtre Commun Universel_
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[@contributeurs_wikipedia_dernier_2020]: s'il n'est pas encore clairement
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identifié, on sait néanmoins qu'il est à l'origine des trois domaines du Règne
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Animal dans l'arbre du Vivant: les Bactéries, les Archées et les Eucaryotes, et
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qu'il est apparu il y a entre 3,3 et 3,8 milliards d'années.
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Ainsi, l'arbre phylogénétique permet le classement des espèces, tout en faisant
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apparaître leurs liens de parenté. Chaque "branche" de cet arbre, appelé
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"clade", défini les caractéristiques des espèces qui y appartiennent.
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La phylogénie spécifique à _Homo sapiens_ apparaît donc sous la forme d'une
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liste de clades présentée dans le tableau suivant, du clade le plus spécifique
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au plus général:
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Clade | Description |
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+===================+==========================================================+
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| Homo | Nous, H. neanderthalensis, H. erectus, H. ergaster, etc. |
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| | Nous sommes la dernière espèce du genre. |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Hominina | Lignée humaine, incluant les australopithèques, les |
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| | paranthropes, etc. |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Hominini | Hominina et Panina (chimpanzés) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Homininae | Hominini et Gorillini (gorilles) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Hominidae | Homininae et Ponginae (orang-outans) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Hominoidea | Singes sans queue, "grands singes". |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Catarrhini | Nez orienté vers le bas. |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Simiiformes | Singes. Occlusion arrière des globes oculaires. |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Haplorrhini | Nez simple: ces Animaux n'ont plus de truffe ni de |
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| | vibrisses (moustaches). |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Primates | Singes, lémuriens |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Euarchontoglires | Primates, rongeurs, toupayes |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Boreoeutheria | Euarchontoglires et Laurasiathériens (incluant les |
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| | chiens, les chats, les cétacés, les chauve-souris, |
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| | les taupes, etc.) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Placentalia | Mammifères dotés d'un placenta (et donc, qui accouchent |
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| | de leur progéniture) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Eutheria | Tout mammifère placentaire et non marsupiaux |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Theria | Mammifères placentaires et marsupiaux |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Mammalia | Animaux allaitant leur petits |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Tetrapoda | Animaux comportant deux paires de membres et dont la |
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| | respiration est normalement pulmonaire |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Gnathostomata | Animaux vertébrés à mâchoire |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Vertebrata | Animaux vertébrés (dotés d'une colonne vertébrale) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Chordata | Animaux dotés d'un squelette interne |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Deuterostomia | Animaux dotés d'un pharynx percé de fentes |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Nephrozoa | Animaux dotés de reins |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Bilateria | Animaux dotés d'un côté gauche et d'un côté droit |
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| | (excluant donc les méduses et les éponges de mer) |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Animalia | Tous les animaux |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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| Eukaryota | Tous les organismes dont la ou les cellules comporte(nt) |
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| | un noyau |
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+-------------------+----------------------------------------------------------+
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Ce tableau nous montre que nous ne descendons pas que du singe, qu'il y a une
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variété d'Animaux entre le _DACU_ et les singes, et doit donc nous indiquer la
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faible proportion qu'occupe l'Humain dans l'arbre phylogénétique, d'autant qu'il
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manque probablement un certain nombre de clades intermédiaires dépendant de
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découvertes génétiques encore à venir. Une autre représentation de l'arbre
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phylogénétique met cela en évidence de façon beaucoup plus nette: _Eukaryota_
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est la partie en rose du disque représentant les trois Règnes du Vivant, _Homo
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sapiens_ étant représenté sur la droite de cette section (détail ci-dessous).
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![_Image #1_: Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al.
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(2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en
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rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les
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archées en vert.[@contributeurs_wikipedia_arbre_2021]](tree-of-life.png)
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La science émancipée de la religion ne place plus _Homo sapiens_ au cœur du Règne du Vivant,
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place désormais dédiée au _DACU_. L'héritage religieux et culturel de l'humain
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continue pourtant de fausser notre perception de nous-même au sein de cet
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ensemble. Nous avons pris tant de place dans les écosystèmes qu'intuitivement,
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nous pensons toujours que notre espèce est au sommet de toute statistique que
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nous pourrions établir sur le Vivant. Pour la phylogénie, et ne considérant que
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la biosphère Terrestre, nous ne sommes qu'une espèce parmi des dizaines de
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millions[@frontier_ecosystemes_2008], rien que chez les eucaryotes. Imaginez,
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dans l'arbre du Vivant circulaire que nous venons de voir, et gardant à l'esprit
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qu'il est très partiel, combien d'espèces peuvent représenter la zone en bleu.
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Imaginez maintenant que la Vie existe ailleurs dans l'univers, possiblement sur
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des millions de planètes, et vous aurez une vague idée de la position de notre
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espèce dans l'Arbre du Vivant, à supposer que nous ne découvrions pas de
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nouveaux domaines du Vivant en plus des trois représentés ici.
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